R与ASReml-R统计分析教程

第1章 R语言简介

1.1 R语言

1.2 R的特点

1.3 R的资源

1.4 R的安装与运行

1.4.1 R软件的安装、启动与关闭

1.4.2 R程序包的安装与使用

1.5 Rstudio的安装与运行

第2章 数据集创建

2.1 数据的创建

2.1.1 向量的建立

2.1.2 数组的建立

2.1.3 矩阵的建立

2.1.4 数据框的建立

2.1.5 列表的建立

2.1.6 因子的建立

2.1.7 对象的模式和属性

2.2 数据的输入

2.2.1 键盘输入

2.2.2 使用scan（）函数

2.2.3 导入csv文件

2.2.4 导入Excel数据

2.2.5 导入SAS数据

2.2.6 导入SPSS数据

2.2.7 其他方式导入

2.3 数据的存储

第3章 数据操作

3.1 变量的创建与删除

3.2 变量的重命名

3.3 缺失值的处理

3.4 数据类型的转换

3.5 数据的排序

3.6 数据集的合并

3.6.1 列合并

3.6.2 行合并

3.7 数据子集的提取

3.7.1 根据位置选取子集

3.7.2 根据列名选取子集

3.7.3 使用subset（）函数

3.8 数据的整合与重构

3.8.1 数据转置

3.8.2 数据整合

3.8.3 使用reshape2包

3.9 处理数据常用的函数

3.10数据探索

3.10.1 数据结构查看

3.10.2 查看单个变量

3.10.3 查看多个变量

3.10.4 其他查看方法

3.10.5 保存统计图形

3.11循环控制和条件操作

3.11.1 条件语句

3.11.2 循环语句

3.12自编函数

第4章 常用统计分析

4.1 描述性统计分析

4.1.1 使用summaryr（）函数

4.1.2 使用stat.desc（）函数

4.1.3 使用describe（）函数

4.2 频数表分析

4.3 方差分析

4.3.1 单因素方差分析

4.3.2 无重复试验的双因素方差分析

4.3.3 等重复试验的双因素方差分析

4.3.4 多元方差分析

4.4 协方差分析

4.5 显著性检验——t检验

4.5.1 单样本检验

4.5.2 独立的双样本t检验

4.5.3 非独立的双样本t检验

4.6 x2检验

4.6.1 适合性检验

4.6.2 独立性检验

4.7 线性回归

4.7.1 简单线性回归

4.7.2 多项式回归

4.7.3 多元线性回归

4.7.4 有交互项的多元线性回归

4.7.5 回归诊断

4.7.6 异常值判断

4.7.7 回归模型的改进措施

4.7.8 最佳回归模型的选择

4.7.9 广义线性模型

4.8 相关分析

4.8.1 相关的类型

4.8.2 相关显著性的检验

4.8.3 相关关系的可视化

4.9 常用试验设计与数据分析

4.9.1 完全随机设计

4.9.2 随机区组设计

4.9.3 拉丁方设计

4.9.4 平衡不完全区组设计

4.9.5 正交试验设计

4.9.6 裂区设计

4.9.7 巢式设计

4.9.8 全因子设计

4.10功效分析

4.10.1 功效分析

4.10.2 绘制功效分析图

4.11主成分和因子分析

4.11.1 主成分分析

4.11.2 因子分析

4.12聚类分析

4.12.1 系统聚类法

4.12.2 动态聚类法

第5章 统计图形绘制

5.1 基础绘图

5.1.1 条形图

5.1.2 饼图

5.1.3 直方图

5.1.4 核密度图

5.1.5 散点图

5.1.6 热图

5.1.7 等高图

5.1.8 三维透视图

5.1.9 小提琴图

5.1.10颜色等高图

5.1.11散点图矩阵

5.1.12条件图

5.1.13相关图

5.1.14地图

5.2 高级绘图

5.2.1 lattice包

5.2.2 ggplot2包

5.3 基础绘图常用参数

5.3.1 颜色

5.3.2 符号和线条

5.3.3 标题

5.3.4 图例

5.3.5 坐标轴

5.3.6 多图组合

第6章 ASReml-R包与遗传参数估算

6.1 ASReml程序包的介绍

6.2 ASReml-R的基本语法

6.2.1 单性状分析

6.2.2 双性状分析

6.3 林业试验常用模型

6.4 遗传参数估算

6.4.1 半同胞子代测定

6.4.2 全同胞子代测定

6.4.3 无性系测定

6.4.4 空间分析

6.4.5 多地点试验——G×E分析

6.4.6 遗传相关分析

6.5 综合案例分析

常用网址

参考文献

索引

程序包名单

《R与ASReml-R统计分析教程/普通高等教育“十二五”规划教材》共分6章，内容包括R语言简介、数据集创建、数据操作、常用统计分析、统计图形绘制以及ASReml—R包与遗传参数估算。《R与ASReml-R统计分析教程/普通高等教育“十二五”规划教材》内容新颖，适用面广，可操作性强。此外，章节合理，结构清晰，行文规范，适合于R统计分析和生物统计的课程讲授。《R与ASReml-R统计分析教程/普通高等教育“十二五”规划教材》适用于农林资源类、植物生产类、生物科学类、园艺学类、金融学类等专业本科生的统计分析教材，也可供相关专业的研究生和科研工作人员参考使用。

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