林木遗传图谱构建和QTL定位统计分析

前言

绪论

0．1林木遗传图谱构建研究的现状

0．2QTL定位统计方法的研究进展

0．2．1数量遗传学的发展历史

0．2．2近交群体的QTL作图方法

0．2．3异交群体的QTL作图方法

0．2．4林木QTL作图

上篇遗传图谱构建的统计方法

第1章背景知识和基本概念

1．1遗传背景

1．2减数分裂

1．3重组、干扰和遗传距离

1．4作图函数

1．5实验交配群体

1．5．1回交群体

1．5．2F2群体

1．6极大似然法与似然比检验

1．7EM算法

1．8皮尔逊卡方统计量

1．9显著性检验

1．10分子标记数据和表型数据

第2章两点连锁分析

2．1位点的分离检验

2．1．1单位点的分离检验

2．1．2两个位点的连锁检验

2．2近交系两点连锁分析

2．2．1回交群体

2．2．2F2群体

2．3全同胞家系两位点连锁分析

2．3．1全同胞家系标记分离特征

2．3．2连锁相推断及重组率估计

第3章多位点连锁分析

3．1隐马尔可夫模型

3．1．1观测数据的概率

3．1．2重建隐状态

3．1．3参数估计

3．2回交群体数据

3．3F2群体数据

3．4全同胞数据

第4章连锁群划分和基因位点排序

4．1连锁群的划分

4．2三位点排序

4．3多位点排序

4．3．1多位点排序的目标函数

4．3．2多位点排序的计算方法

4．4模拟构建全同胞群体的遗传连锁图谱

4．5杉木遗传图谱的构建

下篇QTL定位的统计方法

第5章QTL单标记分析

5．1回交群体的单标记分析

5．1．1t检验

5．1．2方差分析

5．1．3线性回归模型

5．1．4极大似然法

5．2F2群体的单标记分析

5．2．1t检验

5．2．2方差分析

5．2．3回归分析

5．2．4极大似然法

第6章QTL区间作图法

6．1QTL基因型的条件概率

6．2极大似然法

6．2．1回交群体

6．2．2R代群体

6．3线性回归法

6．3．1回交群体

6．3．2R代群体

第7章复合区间作图

7．1理论基础

7．2回交群体作图

7．3F2群体作图

第8章异交群体的QTL作图

8．1半同胞群体QTL作图

8．1．1ANOVA方法

8．1．2极大似然法

8．2全同胞群体QTL作图

8．3MCMC作图

8．3．1Gibbs抽样

8．3．2Metropolis-Hastings方法

8．3．3MCMC方法作图

8．4林木F1代群体的QTL作图

8．4．1区间作图和复合区问作图

8．4．2杉木F1代群体的QTL作图

8．4．3讨论

主要参考文献

附录A全同胞遗传连锁图谱构建软件FsLinkageMap1．0使用说明

A1数据格式

A2数据分析

A3遗传连锁图谱的绘制