生物大分子的X射线晶体学

1大分子结构测定概述

参考文献

2生物大分子的结晶

2.1结晶的理论基础

2.2影响结晶的因素

2.3结晶方法

2.4结晶的实用心得

2.5结晶过程的自动化

参考文献

3晶体的表征

3.1晶系

3.2对称性与空间群

3.3对称性的矩阵表示

3.4晶胞的不对称单位

3.5倒易晶胞

参考文献

4X射线衍射原理

4.1X射线的产生

4.2一个电子的散射

4.3一个原子对X射线的散射

4.4一个分子对X射线的散射

4.5衍射的中心对称性

4.6布拉格衍射定律

4.7爱瓦尔德衍射球

4.8衍射空间的对称性

5帕特森函数

5.1相角问题简介

5.2帕特森函数

5.2.1帕特森函数的理论基础

5.2.2帕特森图的解析

参考文献

6同晶置换

6.1同晶置换理论

6.2相角计算

6.3重原子的最小二乘法精修

6.4重原子最大概率精修

参考文献

7多波长反常衍射

7.1多波长反常衍射的原理

7.2反常散射的差异

7.3吸收限

7.4MAD的实验设计

7.5MAD中相位的计算

参考文献

8相位优化

8.1溶剂平滑法

8.2直方图匹配

8.3局部或非晶体学对称性平均

8.4相位组合

参考文献

9重原子衍生物的制备

9.1同晶现象

9.2溶液中影响重金属结合的原因

9.2.1pH值的影响

9.2.2缓冲液

9.2.3沉淀剂

9.2.4重金属浓度、浸泡时间和温度

9.3重金属概论

9.3.1汞

9.3.2铂、金、钯

9.3.3铱和锇

9.3.4铀酸盐和阳离子试剂

9.3.5氙

9.4MAD实验用的重原子

9.5硒代甲硫氨酰蛋白质突变体的制备

9.6硒代甲硫氨酸内切酶NaeⅠ表达的实验设计(KesLab，UNC，August1998)

9.6.1大肠杆菌细胞的增殖

9.6.2改良的M9培养基的制备

参考文献

10分子置换法

10.1引言

10.2坐标转换

10.3欧拉角和极化角

10.4分子置换法原理

10.5旋转函数

10.6平移函数

10.7分子对称性和自旋转函数

参考文献

11蛋白质的结构

11.1多肽的构象

11.2二级结构

参考文献

12电子密度图的解析与模型构建

12.1电子密度图

12.2分辨率与图的质量

13结构精修

13.1判断结构的正确性

13.2最小二乘法

13.3立体化学限制的最小二乘法精修

13.4分子动力学精修法

13.4.1鲍威尔能量最小化

13.4.2分子动力学

参考文献

　　本书以结构测定的流程为线索，结合作者多年的晶体学研究和应用经验，深入浅出地介绍晶体学基本原理及最新的晶体结构分析技术和方法。本书重点介绍蛋白质晶体培养方法、同晶置换、多波长反常衍射、相位精修、分子置换的基本原理，重原子衍生物制备的基本过程和方法，电子密度图解析，结构模型构建和最后的结构精修。　　本书对结构生物学和分子药学工作者具有重要的参考价值。　　本书主要介绍了生物大分子X射线衍射晶体学的基本原理，包括蛋白质的纯化和晶体的培养、晶体的表征、X射线衍射原理、蛋白质晶体结构分析的主要方法和手段、重原子衍生物的制备、分子置换法解析晶体结构、蛋白质模型的构建、电子密度图的解析以及结构精修等。本书结合第一作者柯衡明教授多年从事蛋白质晶体结构分析所积累的经验，总结了在蛋白质纯化、蛋白质及其重原子衍生物晶体的培养、数据处理和结构分析过程中常见的问题和解决方法。　　本书可作为从事结构生物学研究的科研工作者的参考书和研究生的教材。