生物分子网络的构建和分析

《非线性动力学丛书》序

前言

绪论

0.1 分子生物学简介

0.2 分子系统生物学研究的基本特征

参考文献

第1章 复杂网络

1.1 复杂系统研究的概况

1.2 生物系统是复杂系统

1.3 网络基础理论

1.4 复杂系统建模--复杂网络

1.5 生物网络特征的简介

参考文献

第2章 化学反应动力学

2.1 质量作用定律

2.2 酶动力学

参考文献

第3章 单调动力系统

3.1 单调动力系统基础

3.2 单调动力系统的动态与分解

参考文献

第4章 基于生物数据的网络推导

4.1 概述

4.2 转录调控网络

4.3 转录后调控网络

4.4 转录调控网络模体

4.5 常用生物网络分析和可视化软件

4.6 小结

参考文献

第5章 由进化论构建网络的方法

5.1 用DD方法研究生物网络的度负关联性

5.2 DD方法构建具有综合生物网络特征的模型

5.3 用DD方法构建平均场意义下的生物网络

参考文献

第6章 基于生物分子网络的知识发现

6.1 网络模体

6.2 生物网络中的分层结构

6.3 基于生物网络的知识挖掘

参考文献

第7章 细胞信号转导通路：建模和识别

7.1细胞信号转导

7.2 信号转导网络建模

7.3 基于蛋白质相互作用网络的信号通路识别

7.4 信号途径的应用

7.5 总结

参考文献

第8章 具有典型动力学性质的生物分子网络介绍

8.1具有平凡动力学特征的网络

8.2 具有开关效应的网络

8.3 具有振荡效应的网络

8.4 具有可激发性质的网络

参考文献

第9章 生物分子网络中的调控现象

9.1 基因表达调控

9.2 小RNA调控

9.3 积分控制

9.4 单调控制系统

参考文献

第10章 一些生命现象的网络分析例子

10.1 细胞周期

10.2 酵母细胞周期网络的离散和连续模型

10.3 酵母细胞周期网络的随机模型

10.4 生物节律

10.5 哺乳动物节律的网络模型

10.6 细胞通信和细胞同步行为研究

10.7 适应性模型

参考文献

系统生物学是一门新兴的学科它以系统的观点看待生物系统，把生物系统作为一个多尺度的动态的复杂系统因而在研究中除了正常的生物学知识外，还需要图论（网络）、控制论以及动力系统理论，《生物分子网络的构建和分析》结台生物问题，介绍了与系统生物学有关的各种所需知识。
《生物分子网络的构建和分析》可供来自高等院校生物、数学、信息和计算机科学等相关专业并从事系统生物学交叉研究的研究生和青年学者使用，《生物分子网络的构建和分析》也可供相关的科研工作者和工程技术人员参考。

20世纪70年代，人们在研究两个客体相互作用时发现了混沌动力学行为，从而推动了非线性科学迅速发展，在此基础上，人们又进一步考虑许多客体发生相互作用时会发生什么现象的问题模型研究表明这种系统存在着不同于定态、周期态和混沌态的更复杂的动力学行为，于是人们对这种现象产生了兴趣，提出了复杂性问题，在20多年对复杂性问题的研究中，科学家碰到了前所未有的困难，当然也总结了不少经验，这些经验中最重要的一条是复杂性的研究首先要基于复杂系统分析，从具体的复杂系统研究中找出规律性东西，进一步的工作又认识到生命系统是复杂系统最典型的例子这样就自然地从复杂性理论角度提出了研究生物问题的要求。