比较蛋白质组学的生物信息学

Preface

Contributors

PART I： BIOINFORMATICS FRAMEWORK FOR COMPARATIVE PROTEOMICS

1 Protein Bioinformatics Databases and Resources

Churning Chen， Hongzhan Huang， and Cathy H． Wu

2 A Guide to UniProt for Protein Scientists

Claire O'Donovan and Rolf Apweiler

3 InterPro Protein Classification

Jennifer McDowall and Sarah Hunter

4 Reactome Knowledgebase of Human Biological

Pathways and Processes

Peter D'Eustachio

5 eFIP： A Tool for Mining Functional Impact

of Phosphorylation from Literature

Cecilia N． Arighi， Amy Y． Siu， Catalina O． Tudor，

Jules A． Nchoutrnboube， Cathy It． Wu， and Vijay K． Shanker

6 A Tutorial on Protein Ontology Resources for Proteomic Studies

Cecilia N． Arighi

7 Structure-Guided Rule-Based Annotation． of Protein

Functional Sites in UniProt Knowledgebase

Sona Vasudevan， C．R． Vinayaka， Darren A． Natale，

Hongzhan Huang， Robel Y． Kahsay， and Cathy H． Wu

PART II： PROTEOMIC BIOINFORMATICS

8 Modeling Mass Spectrometry-Based Protein Analysis

Jan Eriksson and David Feny

9 Protein Identification from Tandem Mass Spectra

by Database Searching

Nathan J． Edwards

10 LC-MS Data Analysis for Differential

Protein Expression Detection

Rency S． Varghese and Habtorn W． Ressom

11 Protein Identification by Spectral Networks Analysis

Nuno Bandeira

12 Software Pipeline and Data Analysis for MS/MS Proteomics：

The Trans-Proteomic Pipeline

Andrew Keller and David Shteynberg

13 Analysis of High-Throughput ELISA Microarray Data

Amanda M． White， Don S． Daly， and Richard C． Zangar

14 Proteomics Databases and Repositories

Lennart Martens

15 Preparing Molecular Interaction Data for Publication

Sandra Orchard and Henning Hermjakob

16 Submitting Proteomics Data to PRIDE Using PRIDE Converter

Harald Barsnes， Juan Antonio Vizcalno， Florian Reisinger，

Ingvar Eidhammer， and Lennart Martens

17 Automated Data Integration and Determination of

Posttranslational Modifications with the Protein Inference Engine

Stuart R． Jefferys and Morgan C． Giddings

18 An Integrated Top-Down and Bottom-Up Strategy

for Characterization of Protein Isoforms and Modifications

Si Wu， Nikola Toli， Zhixin Tian， Errol W． Robinson，

and Ljiljana Paa- Toli

PART III： COMPARATIVE PROTEOMICS IN SYSTEMS BIOLOGY

19 Phosphoproteome Resource for Systems Biology Research

Bernd Bodenmiller and Ruedi Aebersold

20 Protein-Centric Data Integration for Functional Analysis of

Comparative Proteomics Data

Peter B． McGarvey， Jian Zhang， Darren A． Natale，

Cathy H． Wu， and Hongzhan Huang

21 Integration of Proteomic and Metabolomic Profiling

as well as Metabolic Modeling for the Functional

Analysis of Metabolic Networks

Patrick May， Nils Christian， Oliver Ebenhh，

Wolfram Weckwerth， and Dirk Walther

22 Time Series Proteome Profiling

Catherine A． Formolo， Michelle Mint4 Asako Takanohashi，

Kristy J． Brown， Adeline Vanderver， Brian Halligan，

and Yetrib Hathout

Index

随着蛋白质组学技术自身及其在生命科学与医学应用中的快速发展，许多生物信息学方法、数据库和软件被开发出来并成功用于比较蛋白质组学研究。在《新生物学丛书：比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》中，专家描述了相关领域中最新的现状、挑战、所面临的开放性问题、以及未来的发展趋势。《新生物学丛书：比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》内容涉及发展比较蛋白质组学研究所需的生物信息学工具和资源，为了解该领域提供了具有相当广度和深度的知识体系和引用参考。这些对于在实验中获得理想的结果至关重要。《新生物学丛书：比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》内容全面、易于使用，对所有希望了解蛋白质组学数据分析和系统生物学层面上比较蛋白质组学的生物信息学数据库、工具、新计算方法及其未来发展趋势的读者都有所裨益。