DNA和蛋白质序列数据分析工具

第三版前言

第二版前言

第一版前言

第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX

1.1 BLAST搜索程序

1.2 本地运行BLAST（Windows系统）

1.3 多序列比对（ClustalX）

参考文献

第2章 真核生物基因结构的预测

2.1 基因可读框的识别

2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测

2.3 基因密码子偏好性计算：CodonW的使用

2.4 采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用

2.5 ASTD数据库简介

参考文献

第3章 电子克隆

3.1 种子序列的搜索

3.2 序列拼接

3.3 在水稻数据库中的电子延伸

3.4 电子克隆有关事项的讨论

参考文献

第4章 分子进化遗传分析工具（MEGA 5）

4.1 序列数据的获取和比对

4.2 进化距离的估计

4.3 分子钟假说的检验

4.4 系统进化树构建

参考文献

第5章 蛋白质结构与功能预测

5.1 蛋白质信息数据库

5.2 蛋白质一级结构分析

5.3 蛋白质二级结构预测

5.4 蛋白质家族和结构域

5.5 蛋白质三级结构预测

5.6 蛋白质结构可视化工具

参考文献

第6章 序列模体的识别和解析

6.1 MEME程序包

6.2 通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体

6.3 通过MAST搜索序列中的已知模体

6.4 通过GLAM2识别有空位的模体

6.5 通过GLAM2SCAN搜索序列中的已知模体

6.6 应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对

6.7 应用GOMO鉴定模体的功能

6.8 应用MCAST搜索基因表达调控模块

6.9 应用MEME-ChIP发现DNA序列模体

6.10 应用SPAMO推测转录因子的结合位点

6.11 应用DREME发现短的正则表达模体

6.12 应用FIMO寻找数据库已知的模体

6.13 应用CentiMo寻找主要的富集模体

参考文献

第7章 蛋白质谱数据分析

7.1 生物质谱技术的基本原理

7.2 X！Tandem软件

7.3 Mascot软件

7.4 Sequest软件

7.5 蛋白质组学数据统计分析TPP软件

参考文献

第8章 基因芯片数据处理和分析

8.1 芯片数据的获取和处理

8.2 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选

8.3 GenMAPP芯片数据的可视化

8.4 通过GEO检索和提交芯片数据

8.5 应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类

参考文献

第9章 GO基因本体和KEGG代谢途径分析

9.1 Gene Ontology数据库

9.2 KEGG数据库

参考文献

第10章 系统生物学网络结构分析

10.1 Cytoscape软件简介

10.2 Cytoscape软件安装

10.3 Cytoscape基本操作

10.4 应用BINGO插件进行基因注释

10.5 应用BioQuali插件进行基因表达分析

10.6 应用Agilent Literature Search插件进行文献搜索

10.7 链接BOND数据库做网络分析

10.8 应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用

参考文献

第11章 Bioperl模块数据分析及其安装-

11.1 概述

11.2 Bioperl重要模块简介和脚本实例

11.3 Bioperl安装

参考文献

第12章 读序列（reads）定位软件Bowtie

12.1 Bowtie特性

12.2 Burrows-Wheeler（BW）转换程序

12.3 不要求精确的比对搜索

12.4 回溯过量表达

12.5 阶段搜索

12.6 Bowtie的输出格式

参考文献

第13章 UCSC基因组浏览器

13.1 基因分类器（Gene sorter）工具

13.2 基因组浏览器（Genome Browser）

13.3 蛋白质组浏览器（Proteome Browser）

13.4 表浏览器（Table Browser）

参考文献

第14章 SNVs和Indel识别分析方法及工具

14.1 Bowtie工具

14.2 samtools软件包

14.3 识别单核苷酸多态性（SNP）

14.4 寻找同义突变和非同义突变

14.5 发现读框内插入缺失（in-frame indel）

14.6 发现其他类型的突变

参考文献

第15章 小RNA高通量测序数据分析

15.1 数据分析流程

15.2 Rfam数据库

15.3 miRBase数据库

15.4 应用mfold预测RNA二级结构

15.5 应用miRAlign搜索miRNA

15.6 应用TargetScan预测miRNA的靶基因

参考文献

第16章 RNA测序（RNA-Seq）分析

16.1 TopHat的分析流程

16.2 转录组读序列比对

16.3 获得基因表达谱及转录物表达谱

16.4 差异表达基因鉴定及注释

16.5 SNPs／SNVs及InDels鉴定与注释

16.6 选择性剪切（alternative splicing）鉴定

16.7 TopHat应用实例

参考文献

第17章 全基因组序列拼接的流程和方法

17.1 实例数据的获取

17.2 短读序列数据作图到参考基因组

17.3 将短读序列数据从头拼接成染色体骨架

17.4 大规模染色体骨架拼接

17.5 草图和实验物理图谱间的比较

参考文献

英汉对照词汇

英文索引

中文索引

彩图

近年来新一代测序技术的研发和应用，极大地推动了基因组科学的发展，也给基因组数据分析带来巨大的新挑战。《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》书17章，分别从基因组学、蛋白质组学、系统生物学三个层次详细介绍了常用的基因数据库和网络工具；为适应Windows7的环境，将BioPerl程序包的数据分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代测序数据分析实例，包括SNVs和Indel识别、小RNA-seq分析、枯草杆菌全基因组序列拼接：并对Bowtie等读序列定位工具和UCSC浏览器的使用做介绍。
　　《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》内容深入浅出、图文并茂。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考；书后还附有中英文的专业术语和词汇。可作为对基因组学、蛋白质组学、生物信息学感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。