生物信息学中计算机技术应用

第1章 绪论

1.1 引言

1.2 生物信息学

1.2.1 生物信息学产生的背景

1.2.2 生物学数据库

1.2.3 生物信息学的主要研究内容

1.2.4 与生物信息学关系密切的数学领域

1.2.5 与生物信息学密切相关的计算机科学技术

1.2.6 生物信息学工业

1.3 生物信息学中的计算机技术应用

1.4 蛋白质结构模型

1.5 生物系统背景知识

1.6 本书研究的内容

1.7 本书的组织结构

1.8 本章小结

第2章 、生物信息学中的结构比较

2.1 结构比对

2.2 VAST与DALI

2.3 全局与局部结构比较

2.4 利用数学记号进行结构比较

2.5 生物大分子表面结构的比较

2.6 本章小结

第3章 三维结构比较

3.1 三维结构比较研究

3.2 基于体模型的比较

3.2.1 外形特点分析

3.2.2 特征提取与匹配

3.3 基于三维模型几何相似性的比较

3.3.1 基于轮廓的几何相似性比较算法

3.3.2 基于拓扑结构的几何相似性比较算法

3.3.3 基于视觉的几何相似性比较算法

3.4 三维模型相似性度量方法的分类

3.5 本章小结

第4章 蛋白质三维结构可视化

4.1 蛋白质存储结构分析

4.2 PDB文件中对于大分子结构的描述

4.3 MATLAB下蛋白质三维结构可视化实现

4.4.本章小结

第5章 建立蛋白质三维结构频谱

5.1 三维物体形状特征提取

5.2 统一坐标系的建立

5.3 小波分析

5.4 基于蛋白质

5.5 基于统一坐标序列的蛋白质三维结构多分辨频谱建立

5.6 本章小结

第6章 蛋白质三维结构相似性

6.1 三维模型相似性比较

6.2 灰色系统理论概述

6.3 蛋白质三维结构相似性的灰色关联分析

6.3.1 原理与方法

6.3.2 实验结果及讨论

6.4 蛋白质三维结构频谱的灰色关联分析

6.4.1 方法与步骤

6.4.2 实验结果及讨论

6.5 本章小结

第7章 蛋白质三维结构空间复杂性

7.1 生物学中的分形

7.2 分形的概述

7.3 基于分形的蛋白质三维空间结构复杂性研究

7.3.1 原子覆盖法的碳骨架分维数计算

7.3.2 实验结果及讨论

7.4 基于结构频谱分维的蛋白质三维结构相似性比较

7.4.1 方法与步骤

7.4.2 实验结果及讨论

7.5 本章小结

第8章 蛋白质三维结构视图系统

8.1 系统框架

8.2 系统功能

8.3 本章小结

后记

参考文献

《生物信息学中计算机技术应用》结合计算机图形图像处理、模式识别、数据挖掘等技术，利用当前关于蛋白质结构研究的最新成果，讨论蛋白质三维结构比较中兼顾全局比较与部分比较的关键问题，有效解决了蛋白质三维结构的多层次比较问题。内容包括蛋白质三维结构的可视化、蛋白质三维结构统一坐标系的建立、统一坐标系下蛋白质结构频谱建立、基于灰色关联的蛋白质三维结构相似性算法研究，以及蛋白质三维结构空间复杂性的分形研究。
　　《生物信息学中计算机技术应用》可作为大学高年级本科生及硕士生的参考书，也可作为科研人员的参考资料。