化学信息系统开发技术

1　概述

1.1　信息系统概述

1.2　化学信息系统概况

1.2.1　化学信息系统的主要类型

1.2.2　用户界面

2　化学信息的开放

2.1　信息系统的开放

2.1.1　信息的保护与开放

2.1.2　期刊文献数据库的开放机制

2.1.3　开源软件的开放机制

2.1.4　生物信息学的发展

2.2　化学信息的开放发展

2.2.1　数据文件格式

2.2.2　软件与编程语言

2.2.3　新的环境与平台

3　信息系统设计基础

3.1　网络应用发展历程

3.1.1　从远程网到因特网

3.1.2　从桌面应用程序到网络应用程序

3.1.3　从远程登录到C/S和B/S模式

3.1.4　从文件服务器到数据库服务器

3.1.5　从分布式到网格和云

3.2　网络运行环境

3.2.1　网络通信协议

3.2.2　服务器的软件环境

3.2.3　客户端的软件环境

3.3　软件开发技术

3.3.1　开源软件开发技术

3.3.2　开源软件标准化

3.3.3　网络应用程序的开发

3.4　内容管理系统

3.4.1　角色划分

3.4.2　功能类型

3.4.3　设计模式

3.4.4　开源选择

3.4.5　应用需求与发展

4　化学信息数据的结构与算法

4.1　化学图谱

4.1.1　图谱文件与数据库

4.1.2　图谱检索算法

4.2　分子结构1

4.2.1　分子拓扑结构的表达

4.2.2　分子结构的检索与匹配

4.3　化学反应

4.3.1　化学反应的表达

4.3.2　反应物与产物的关系

4.4　南开软件开发包

4.4.1　图谱通用数据处理开发包

4.4.2　有机分子拓扑结构开发包

5　化学信息系统的开发实例

5.1　化学信息导航系统

5.1.1　设计与开发路线

5.1.2　系统构成与功能

5.1.3　Mashup开发模式

5.2　核磁共振谱仪管理系统

5.2.1　功能设计

5.2.2　开发技术

5.2.3　其他配套措施

5.3　有机结构与反应查询系统

5.3.1　功能分析

5.3.2　开发技术

5.3.3　计算机辅助有机合成

5.4　虚拟组合分子库系统

5.4.1　衍生策略

5.4.2　机制与流程

5.4.3　开发技术

5.4.4　商业软件

5.5　其他化学信息系统

6　新技术与应用的展望

6.1　复杂信息协议

6.2　富应用程序

6.3　从软件到服务

参考文献

化学信息系统即“以化学数据库和化学在线计算为核心的网络服务系统”。化学信息的数据类型、表现方式多种多样，既有文献、数据，又有图形、图像。在用户界面方面，则需处理图谱、分子结构式和化学反应式等。因此，相应的设计、开发工作需要综合运用多方面的知识和技术。本书简要介绍了信息的基本知识，阐述了信息的重要性。围绕化学信息对象，介绍了数据结构与算法，分析了系统架构模式；针对化学信息的特点，选择不同类型的化学信息系统实例讲述了其系统设计思路和开发方法，对实际研发有重要的指导作用。

　　《化学信息系统开发技术》适合化学、化工、生物化学、药物化学以及相关专业的科技人员、高校师生参考。