未培养微生物

未培养微生物多样性的统计性估测1引言2丰度数据2.1参数丰度模型2.2非参数丰度模型2.3基于覆盖度的估计2.4讨论3发生率数据3.1参数发生率模型3.2发生率非参数模型3.3基于覆盖度的发生率非参数模型3.4含有协变量的模型4评论附录：软件参考文献大规模平行测序表征生物种群结构1微生物多样性和可栖息性2对微生物分类学和生态学的分子影响3大量平行DNA焦磷酸测序和微生物多样性4rRNA高可变区焦磷酸序列的生物信息学解释5微生物多样性和“稀有生物圈”的拓展性展望6大规模平行DNA测序和微生物种群结构的未来调查参考文献用微阵列技术检测和鉴定未培养微生物1引言2微芯片的类型2.1系统发育寡核苷酸芯片(POAs)2.3群落基因组芯片2.4宏基因组芯片2.5全基因组开放阅读框芯片2.6同位素芯片2.7其他类型的芯片3微芯片的应用3.1微生物检测3.2微生物种群动力学和活性3.3微生物鉴定4芯片分析所面临的挑战及其局限性4.1依赖于已培养生物和／或已知序列的分析4.2芯片分析的灵敏度4.3特异性4.4芯片的定量性4.5数据分析和标准化5结束语参考文献天然实验室：来自未培养甲烷营养菌的经验1引言2厌氧嗜甲烷菌的发现3海底厌氧嗜甲烷菌的鉴定及定量4从原位观测到体外富集4.1寻找AOM热点4.2能量限制：甲烷及硫酸盐的供应及终产物的移除4.3最适温度与pH4.4避氧4.5其他生长需求4.6ANME与伴生菌富集的抑制或解偶联5展望：其他分离技术参考文献不可培养微生物的单细胞全基因组扩增1引言2细胞分离方法2.1微液滴捕获法2.2技术2.3荧光激活细胞分类技术(FACS)2.4微流控术3单个细胞的DNA分离和扩增4测序和基因组装配5从基因组学到生物学参考文献生长缓慢异养微生物的生理生态适应性及培养的结果1引言2资源和营养限制的生长2.1生物量水平的营养限制2.2生长速率的营养限制3对营养限制的生理适应4效率 Vs.快速生长5生长缓慢作为增加可培养能力的一项策略6为什么有大平板计数异常(GPCA)？7总结参考文献可育但不可培养细菌1引言2霍乱弧菌和其他物种的可育但不可培养状态3VBNC细胞的计数方法4霍乱暴发模型参考文献微生物不可培养性的普适性模型1引言2不可培养微生物的原位培养2.1方法一：扩散室(DiffusionChamber)2.2方法二：分离芯片(Ichip)3不可培养微生物的体外生长及其驯化3.1获得不可培养物种的可培养变种3.2微生物的共生生长和共培养4不可培养机制：MSC33的个案研究5微生物的种群中的异质性6对大平板计数异常现象的解释6.1模型6.2模型对不可培养现象及更多现象的解释6.3探索者模型的含义7结论参考文献未培养微生物的宏基因组和新抗生素发现1次级代谢物与抗生素1.1次级代谢物介绍1.2新抗生素将来自于何处？1.3微生物多样性和宏基因组学2以土壤DNA用于药物发现的早期宏基因组实验2.1hsp70、gyrA、纤维素酶及其他2.2eDNA文库和异源表达2.3信号、抗性、Turbomycins和Terragines3从eDNA中克隆次级代谢生物合成途径的进展.3.1次级代谢物途径集约模型3.2“制约”宏基因组3.3更好的载体3.4更好的宿主3.5文库的大小3.6最新筛选4结论参考文献耐受性菌株、生物被膜和可培养性问题1耐受性细胞的发现2生物被膜与耐受性菌株的复苏参考文献把概念推向极限：不可培养细菌与太空生物学1微生物培养2表型生长3生命指征4无生长发生时的生命检测5生命的动力学指征6地球以外样品中寻找生命7不可培养的外星生命8有关生命起源及生命的早期进化的建议：思考素材参考文献译者后记

自然界中存在的微生物物种数量可能以数百万计，但以纯培养物得以分离并加以描述的仅有几千种。造成这一巨大差异的主要原因是超过99％的所有环境微生物令人感到迷惑地无法在实验室中生长。微生物不可培养性这一现象披认为是基础和应用微生物学领域的一个主要挑战，找到一种可以触及大部分未培养微生物的方法可能会改变今天我们所知道的生物学和生物技术的许多方面。SlavaS．Epstein教授编著的《未培养微生物(精)》描述了这一现象的发现、目前对未培养微生物生理和分子本质的假设、最新“智取”未培养微生物的方法以及大多数未培养微生物在医学和生物技术的重要性。《未培养微生物(精)》揭示了未培养微生物的隐藏世界、它们无与伦比的多样性和巨大的应用潜力。