冷泉港蛋白质组学实验手册

简介1实验1全细胞裂解物的双向凝胶电泳和MALDI 质谱分析

操作程序1.1酵母细胞裂解液的制备

操作程序1.2IPG胶条的再水化和等电聚焦

操作程序1.3等电聚焦胶条的平衡

操作程序1.4第二向--SDS.PAGE

操作程序1.5用SYPRO Ruby进行全蛋白染色

操作程序1.6用Pro.Q Diamond进行磷酸化蛋白染色

操作程序1.7用Pro.Q Emerald进行糖蛋白染色

操作程序1.8用考马斯亮蓝进行全蛋白染色

操作程序1.9用质谱兼容的银染进行全蛋白染色

操作程序1.102D胶的图像分析和蛋白质回收

操作程序1.11胶内酶切

操作程序1.12MALDI点靶29实验2用于质谱分析的蛋白质复合物的纯化

操作程序2.1培养并收集TAP标记的酵母细胞

操作程序2.2为纯化TAP标记蛋白质复合物制备酵母细胞抽提物

操作程序2.3第一步亲和富集--利用IgG亲和色谱从酵母抽提物中捕获TAP标记的蛋白质复合物

操作程序2.4第二步亲和富集--TAP.标记的蛋白质复合物的钙调蛋白亲和色谱

操作程序2.5与磁珠的结合

操作程序2.6蛋白质复合物的亲和纯化

实验3用MALDI TOF/TOF串联质谱进行肽的定性和定量分析

操作程序3.1实验描述

实验4蛋白质复合物分析--高灵敏液相色谱与串联质谱联用

操作程序4.1HPLC柱毛细管的制作

操作程序4.2填装微毛细管FSC柱

操作程序4.3微毛细管RP.HPLC与ESI.质谱联用

实验5用IMAC和质谱分析磷酸化肽

操作程序5.1制备IMAC样品

操作程序5.2制备IMAC柱和反相捕获柱（前柱）

操作程序5.3制备IMAC柱

操作程序5.4样品处理

实验6全细胞裂解物的多维蛋白质鉴定技术分析

操作程序6.1使用多维蛋白质鉴定技术分析全细胞裂解物

实验7全细胞提取物的定量质谱检测技术(iTRAQ)

操作程序7.1从酵母细胞制备肽

操作程序7.2以iTRAQ试剂标记肽

操作程序7.3应用反向色谱柱提纯肽

操作程序7.4多肽等电聚焦95实验8串联质谱数据的分析及确认

操作程序8.1使用Global Proteome Machine系统分析LC.MS/MS数据

操作程序8.2使用ProteinPilot软件进行肽段和蛋白质鉴定

操作程序8.3对数据库检索程序鉴定为能够匹配肽段序列的MS/MS谱图

进行评价118实验9开放阅读框的高通量克隆--构建大量表达结构

操作程序9.1利用Gateway LR反应构造表达结构

操作程序9.2用Gateway LR反应产物化学转化感受态细菌

实验10蛋白质微阵列的构建--核酸可编程性蛋白质阵列

操作程序10.1用氨基甲硅烷包被载玻片

操作程序10.2在96孔板中制备细菌的培养物

操作程序10.3从96孔板中分离质粒DNA

操作程序10.4DNA的生物素化、沉淀及样品布阵

操作程序10.5NAPPA载玻片上蛋白质的表达

操作程序10.6检测NAPPA载玻片上的蛋白质

操作程序10.7在NAPPA芯片上测定DNA151

实验11使用核酸可编程性蛋白质阵列鉴定蛋白质.蛋白质相互作用

操作程序11.1NAPPA芯片与查询蛋白共表达

操作程序11.2在NAPPA芯片上检测查询蛋白

附录1钠升电喷雾电离离子源和串联质谱装置和示范

附录2溶液内蛋白质的消化

附录3凝胶内胰酶消化已分离蛋白

附录4三氯乙酸蛋白质沉淀法

附录5氨基酸的单同位素和亚铵离子分子量

附录6氨基酸二肽分子量

附录7LTQ离子阱的使用方法

附录8肽段混合物离线去盐

附录9感受态细胞的制备

附录10DNA的定量

附录11注意事项

索引

《生物实验室系列：冷泉港蛋白质组学实验手册》为美国冷泉港实验室蛋白质组学课程培训用书，为蛋白质组学工作者案头必备实验手册。

内容涉及各种蛋白质制备和分离方法、质谱分析的一般方法、用于蛋白质表达的编码序列的高通量克隆、蛋白质芯片的制备和使用以及验证这些数据的分析方法等内容。书中附有大量的以step-by-step形式展现的操作程序，针对关键性步骤增加说明性文字加以点拨，并有信息框阐述关键的知识点，具有很强的实用性和可操作性。

《生物实验室系列：冷泉港蛋白质组学实验手册》适用于生物、医学基础和药学等专业研究生、高年级本科生和相关研究人员查阅参考。