分子生物学软件应用

第一部分 核酸序列分析

1 序列检索与格式转换

1.1 序列检索

1.2 序列格式简介

1.3 格式转换

2 一级结构分析

2.1 组成成分分析

2.2 重复序列

2.3 序列变换

3 克隆

3.1 酶切位点查找

3.2 模拟电泳

3.3 电泳图像分析

3.4 质粒绘图

3.5 克隆策略与过程显示

4 引物设计

4.1 引物设计的基本原则

4.2 引物设计与分析

4.3 高通量引物与探针设计

5 测序拼装

5.1 测序图分析

5.2 测序拼装

6 DNA功能分析

6.1 ORF查找与翻译

6.2 Motif查找

7 RNA二级结构预测

7.1 RNAstructure

7.2 RNAdraw

7.3 DNAstar

第二部分 蛋白质序列分析

1 理化性质分析

1.1 蛋白酶酶切特性

1.2 滴定曲线与等电点

1.3 亲水性和疏水性

1.4 电荷密度

2 二级结构预测

2.1 DNAstar

2.2 Vector NTI Advance

2.3 ANTHEPROT

3 其他特殊局部结构分析

3.1 膜蛋白的跨膜螺旋

3.2 信号肽

3.3 卷曲螺旋

3.4 抗原决定簇

4 三维分子显示

4.1 RasMol

4.2 Vector NTI Advance

4.3 Cn3D

第三部分 序列比对及进化树

1 BLAST

1.1 BLAST简介

1.2 BLAST、实践

1.3 BLAST、高级选项

2 本地BLAKI

3 多序列之间的两两比对与进化树分析

3.1 C1ustalX

3.2 DNAstar

3.3 Vector NTI Advance

3.4 PLYLIP

第四部分 文献管理与引用

1 文献管理

1.1 Reference Manager

1.2 EndINote

1.3 NoteExpress

1.4全文查找

2 在Word中引用文献

2.1 Reference Manager

2.2 EndNote

2.3 NoteExpress

附录1 软件简介

附录2 参考文献

本书共包括四个部分。第一部分介绍了计算机软件在核酸序列分析中的应用，主要包括序列格式转换、结构功能分析、克隆与引物设计等；第二部分介绍了计算机软件在蛋白质序列分析中的应用，主要包括理化性质分析、结构预测、三维分子显示等；第三部分介绍了计算机软件在序列比对中的应用，包括BLAST、本地BLAST、多序列两两比对与进化树分析等；第四部分介绍了计算机软件在文献管理与引用中的应用，主要包括文献管理、参考文献的引用等。本书主要面向生物、医学专业的研究生、高年级本科生，以及相关专业的其他研究人员。

《分子生物学软件应用》主要面向生物、医学专业的研究生、高年级本科生，以及相关专业的其他研究人员。