常用生物数据分析软件

序

前言

第1章Unix/Linux操作系统介绍

1.1远程登录

1.2文件的复制、删除和移动命令

1.3目录的创建、删除及更改目录命令

1.4文本查看命令

1.5文本处理命令

1.6改变文件或目录的权限命令

1.7备份与压缩命令

1.8磁盘及系统管理

1.9软件安装简介

1.10其他

第2章数据的基本处理

2.1数据常用格式介绍

2.2测序原理介绍

2.3華图转化(Phred)

2.4文件转换(phd2fasta)

2.5载体屏蔽(cross_match)

2.6序列聚类拼接

2.7Consed

2.8引物设计(Primer3)

主要参考文献

第3章序列的比对

3.1全局比对

3.2局部比对

主要参考文献

第4章基因组/基因的注释

4.1重复序列分析

4.2RNA分析

4.3基因预测

4.4基因功能注释

主要参考文献

第5章SNP分析

5.1Polyphred

5.2SNPdetector

5.3cross_match

主要参考文献

第6章进化分析专题

6.1Phylip

6.2Paml

6.3KaKs_Calculator

6.4FGF

6.5MEGA

主要参考文献

第7章基因表达分析专题

7.1EST表达序列标签分析

7.2生物芯片分析

7.3Motif预测

主要参考文献

第8章蛋白质结构预测

8.1蛋白质结构知识介绍

8.2蛋白质结构预测方法

8.3蛋白质结构预测的Threading方法

8.4蛋白质三维结构预测流程介绍

主要参考文献

　　本书从实际使用的具体分析工具入手，对信息分析的几个主要方面进行了最为细致的讲解，包括软件的安装、输入输出数据的格式说明、常用参数的选取等，并配以实例数据方便大家熟悉及使用。本书还附赠光盘，其中的每个软件都对应于相应的目录。该书可供各大专院校作为教材使用，也可供从事相关工作的人员作为参考用书使用。　　本书较为系统全面地介绍了生物信息学分析各个方面的软件用法，结合光盘具体实例，方便使用。全书共分8章，内容包括：Unix/Linux操作系统介绍，介绍了基本的Unix/Linux操作命令；数据的基本处理，介绍了如何处理常用的生物信息学数据；序列的比对，介绍了常用比对软件的用法及其在应用过程中要注意的问题；基因组/基因的注释，介绍了Coding和Non-Codoing基因的预测方法；SNP分析，介绍了常用的从生物学数据中寻找SNP的软件；进化分析专题，介绍了几种分子进化分析软件，内容涉及进化树的构建、Ka/Ks的计算等；基因表达分析专题，介绍了EST及生物芯片分析的流程和方法；蛋白质结构预测，介绍了蛋白质三维结构预测的流程及方法。　　本书适合于生物信息学专业本科生及研究生使用。