分子体系模拟应用入门
分子体系模拟应用入门封面图

分子体系模拟应用入门

(法) 菲尔德 (Field,M.J.) , 著

出版社:世界图书出版公司北京公司

年代:2014

定价:89.0

书籍简介:

本书是一本分子体系计算机模拟的入门性及实践指导性教材,这是扩展了的第二版,大量介绍了原子层面的分子模拟技巧。书中囊括了大量的Python中的案例和程序模型,并做了详细的描述,这些实例涉及化学、生物学及材料科学。目次:基础;化学模型和表示;坐标和坐标操作;量子化学模型;分子力学;混合势;寻找势能曲面上的驻点和反应路径;正规模型分析;分子动力学模拟 1;非键相互作用;分子动力模拟Ⅱ;模特卡罗模拟。读者对象:化学、生物、材料、药物及环境科学领域的师生及科研工作者。

书籍目录:

Preface to the first edition

Preface to the second edition

1 Preliminaries

1.1 Introduction

1.2 Python

1.3 Object-oriented programming

1.4 The pDynamo library

1.5 Notation and units

2 Chemical models and representations

2.1 Introduction

2.2 The System class

2.3 Example 1

2.4 Common molecular representations

2.5 Example 2

3 Coordinates and coordinate manipulations

3.1 Introduction

3.2 Connectivity

3.3 Internal coordinates

3.4 Example 3

3.5 Miscellaneous transformations

3.6 Superimposing structures

3.7 Example 4

4 Quantum chemical models

4.1 Introduction

4.2 The Born-Oppenheimer approximation

4.3 Strategies for obtaining energies on a potential energy surface

4.4 Molecular orbital methods

4.5 The Hartree-Fock approximation

4.6 Analysis of the charge density

4.7 Example 5

4.8 Derivatives of the potential energy

4.9 Example 6

5 Molecular mechanics

5.1 Introduction

5.2 Typical empirical energy functions

5.3 Calculating a molecular mechanics energy

5.4 Example 7

5.5 Parametrizing potential energy functions

5.6 Soft constraints

Hybrid potentials

6.1 Introduction

6.2 Combining QC and MM potentials

6.3 Example 8

6.4 Covalent bonds between QC and MM atoms

6.5 Example 9

Finding stationary points and reaction paths on potential

energy surfaces

7.1 Introduction

7.2 Exploring potential energy surfaces

7.3 Locating minima

7.4 Example 10

7.5 Locating saddle points

7.6 Example 11

7.7 Following reaction paths

7.8 Example 12

7.9 Determining complete reaction paths

7.10 Example 13

8 Normal mode analysis

8.1 Introduction

8.2 Calculation of the normal modes

8.3 Rotational and translational modes

8.4 Generating normal mode trajectories

8.5 Example 14

8.6 Calculation of thermodynamic quantities

8.7 Example 15

……

Appendix 1 The pDynamo library

Appendix 2 Mathematical appendix

Appendix 3 Solvent boxes and solvated molecules

内容摘要:

《分子体系模拟应用入门(第2版)(英文版)》是一本分子体系计算机模拟的入门性及实践指导性教材,这是扩展了的第二版,大量介绍了原子层面的分子模拟技巧。书中囊括了大量的Python中的案例和程序模型,并做了详细的描述,这些实例涉及化学、生物学及材料科学。

书籍规格:

书籍详细信息
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9787510084430
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出版地北京出版单位世界图书出版公司北京公司
版次影印本印次1
定价(元)89.0语种英文
尺寸26 × 19装帧平装
页数印数

书籍信息归属:

分子体系模拟应用入门是世界图书出版公司北京公司于2014.8出版的中图分类号为 O63 的主题关于 超分子结构-化学-英文 的书籍。