比较基因组学手册

上篇基因组特性

第1章原核生物

1.1引言

1.2形态和分类

1.3基因组的形状和大小

1.4基因数目和组成方式

1.5碱基组成

1.6密码子的使用

1.7复制和表达

第2章真核生物

2.1引言

2.2真核生物的分类与时间尺度

2.3基因组的形状和大小

2.4碱基组分

2.5复制、修复和重组

2.6基因表达

2.6.1转录与转录后调控

2.6.2遗传密码和密码子的使用

2.6.3翻译与翻译后修饰

2.7完整测序的真核生物基因组

2.7.1酿酒酵母基因组

2.7.2粟酒裂殖酵母基因组

2.7.3线虫基因组

2.7.4黑腹果蝇基因组

2.7.5拟南芥基因组

2.7.6水稻基因组

2.7.7人基因组

第3章细胞器

3.1线粒体

3.1.1一般结构和功能

3.1.2DNA与遗传系统

3.1.3基因组的特征

3.2叶绿体和其他质体

中篇方法学

第4章基因组学中的分子生物学技术

4.1基因组DNA测序

4.1.1DNA测序技术

4.1.2人类基因组计划

4.2转录组分析

4.2.1基因表达分析

4.2.2表达序列标签

4.2.3基因表达序列分析

4.2.4差异显示

4.2.5表现度示差分析

4.2.6DNA微阵列

4.3蛋白质组分析

4.3.1二维凝胶电泳

4.3.2蛋白质鉴定

4.3.3蛋白质-DNA和蛋白质-蛋白质相互作用的研究

4.3.4生物芯片法分析蛋白质组

第5章基因组时代的生物学数据库

5.1引言

5.2基础数据库和专业化的数据库

5.3数据库结构

5.4数据库链接与互通性

5.5数据库注释

5.6检索系统

5.6.1SRS

5.6.2Entrez

5.6.3其他检索系统

5.7核酸数据库

5.8蛋白质数据库

5.9其他蛋白质数据库

5.10基因组数据库和资源

5.11基因数据库与资源

5.12转录组数据库

5.13代谢组数据库

5.14突变数据库

5.15线粒体数据库和资源

第6章基因组序列分析的计算方法

6.1引言

6.2点阵图

6.3两序列比对

6.3.1Needleman-Wunsch全局比对算法

6.3.2Smith-Waterman算法

6.3.3cDNA以及基因组DNA序列的比对

6.3.4基因组比对

6.3.5清除序列库中的冗余序列

6.3.6同源序列相似度的计算

6.4数据库搜索

6.4.1FASTA

6.4.2BLAST

6.4.3BLAST和FASTA程序包

6.4.4过滤不需要的序列匹配块

6.4.5重复序列匹配的过滤

6.4.6比对分值的统计学意义

6.5多序列比对

6.6可识别远源相关蛋白或蛋白质模块的比对谱

6.7序列的组装方法

6.7.1序列的净化

6.7.2序列的聚类

6.7.3构建一致序列

6.7.4用电子PCR绘制序列图谱

6.7.5基因组和EST项目的序列组装

6.7.6构建用于基因索引的组装序列

6.8生物序列的语言学分析

6.8.1马尔可夫链式生物序列

6.8.2生物序列语言的复杂度

6.8.3基因组重复序列的识别

6.8.4生物序列中的模式搜索

6.8.5识别染色体序列中的启动子区域

6.8.6发掘识别基因调控元件和蛋白质模块组件的模式

6.8.7基因预测

6.8.8基因组序列中CpG岛的识别

6.8.9密码子使用策略分析

6.9RNA二级结构预测

6.10蛋白质序列分析

6.10.1蛋白质一级序列的分析

6.10.2预测跨膜蛋白螺旋

6.10.3蛋白质信号肽的识别及亚细胞定位的预测

6.10.4蛋白质二级结构的预测

6.10.5预测卷曲螺旋和螺旋一转角一螺旋结构

6.10.6蛋白质三级结构预测

6.10.7蛋白质折叠的识别与分类

6.10.8蛋白质功能预测的基因组比较工具

6.11进化与系统发育分析

6.11.1同源序列间遗传距离的评价

6.11.2分子系统发育学

下篇比较基因组学

第7章分子进化

7.1引言

7.2基因组尺寸的进化

7.3碱基组分在进化中的作用

7.4原核基因组的进化

7.5从原核生物到真核生物

7.5.1真核细胞的起源

7.5.2线粒体基因组的进化

7.5.3质体的起源与进化

7.6从单细胞到多细胞

7.7核基因组的进化

7.7.1内含子

7.7.2基因数目和蛋白质数目

7.7.3非编码元件

7.7.4基因家族的扩展

7.7.5基因组倍增

7.7.6结论

第8章分子系统发育学

8.1引言

8.2分子钟

8.3相似性测量：直系同源与旁系同源

8.4基因组学时代的分子系统发育学

8.5远源物种间的相互关系：进化树

8.6后生动物的系统发育

8.6.1细胞器分类学与核分类学

8.6.2哺乳动物系统发育

附录本书引用的URL

参考文献

索引

译后记

　　本书旨在为具有生物学背景并试图接触现代生物学的新方向基因组学的读者提供一本工具书，对技术开发人员和管理人员、工业界和基金机构也很有用。原则上，任何有兴趣了解这一新领域的激动人心的新应用的人都可一读。编者们尽力突出里程碑性的工作、新产生的概念、关键的方法技术和这一新领域最急需的知识。本书以描述完整测序的生物全基因组为起点，提炼从已获得的数据中涌现出来的新概念，同时也介绍用于研究完整基因组及其进化的最新方法。　　本书是一本实用的工具书，涵盖了比较功能基因组学这个新兴领域中的基础知识和应用实例。本书撰写中注重介绍下列内容：　　比较基因组学的概念和方法：　　基因组学和基因表达分析的基本原理；　　比较分析的生物信息学方法；　　基因组学和转译组学的分析方法；　　丰富的网络资源。　　从事遗传学、分子生物学、发育生物学和进化生物学的研究工作的高校师生及其他研究人员，从书中可以获悉各类基因组的重要特征以及许多很实用的基因组学实验方法。本书对于生物医学、药学等相关领域的研究人员也有阅读参考价值。