人体微生物组

第1章　美国国立卫生研究院的人体微生物组计划　1.1引言　1.2人体微生物组研究的起源和人体微生物组计划　1.3HMP项目的指导原则、结构和方向　1.3.1HMP的指导原则和群落资源计划的建立　1.3.2HMP大规模测序中心　1.3.3数据协调与分析　1.3.4参照菌株微生物基因组序列　1.3.5多种微生物组的健康成年人群组研究　1.3.6微生物组--疾病相关的示范项目　1.3.7技术开发　1.3.8计算工具　1.3.9微生物组研究的伦理、法律与社会问题　1.4人体微生物组计划的产品　1.4.1健康成年人群组研究的衍生数据集　1.4.2用于人体微生物组研究的计算工具　1.4.3HMP出版物　1.5NIH资助的其他人体微生物组研究　1.6未来人体微生物组研究的方向　参考文献第2章　人体相关微生物群落的表征方法　2.1引言　2.2基于免培养的技术　2.2.1利用系统分类标记研究群落结构和组成　2.2.2遗传潜能多样性　2.2.3超越代谢潜能：转录组学，蛋白组学，代谢组学　2.3培养　2.4方法选择　参考文献第3章　系统分类芯片　3.1引言　3.2系统分类探针设计　3.3系统分类芯片的样品制备　3.4系统分类芯片的应用　参考文献第4章　描述微生物群的数学方法：对富含微生物环境进行分析推断　的实践与理论 694.1引言：环境外推法的实践　4.2环境外推法的理论　4.2.1罐子模型　4.2.2典范转移　4.2.3预测样本的范围　4.3样本范围的平均分析　4.4样本范围的条件分析　4.4.1泊松点过程的稀化特性　4.4.2嵌入算法　4.5结语　参考文献第5章　边界处的紧张局势：宿主遗传和肠道菌群如何共同促进　克罗恩病的发生855.1引言　5.2人类炎性肠病　5.3肠道菌群和炎性肠病　5.4与炎性肠病相关的人类遗传位点　5.5宿主遗传特性如何影响肠道菌群形成　5.6建立菌群失调与克罗恩病模型　参考文献第6章　人体呼吸道微生物　6.1引言　6.2肺部特征及环境　6.2.1正常肺　6.2.2囊性纤维化　6.2.3呼吸机相关性肺炎　6.2.4支气管肺发育不良　6.2.5哮喘　6.2.6慢性阻塞性肺疾病　6.3呼吸道微生物组研究展望　参考文献第7章　口腔菌群：是福，是祸？　7.1引言　7.1.1解剖学　7.1.2唾液　7.2从定植到群落　7.2.1初始附着　7.2.2细菌间的物理相互作用　7.2.3细菌间的代谢相互作用　7.2.4细菌间的相互拮抗作用　7.2.5细菌间信号　7.2.6生物膜基质　7.3群落在健康和疾病中的作用　7.3.1健康状态　7.3.2疾病状态　7.4口腔菌群和全身性疾病　7.4.1菌血症　7.4.2感染性心内膜炎　7.4.3动脉粥样硬化　7.4.4糖尿病　7.4.5肥胖　7.4.6不良妊娠结局　7.5结语　参考文献第8章　泌尿生殖道菌群　8.1引言　8.2女性生殖道的微生物生态系统：微生物在生物地理方面对生殖的影响　8.3关于BV的科学论战　8.4高通量测序时代的阴道微生物组　8.52025年阴道健康：如何理解阴道微生物组对未来女性护理的影响　8.6男性菌群：一个硬币的两面还是不同的行情?　8.7结语　参考文献第9章　健康与疾病状态下人体肠道菌群的功能结构　9.1引言　9.2肠道菌群　9.2.1上消化道内的细菌　9.2.2小肠　9.2.3大肠内的细菌　9.2.4菌群在结肠功能中的作用　9.2.5黏液屏障　9.2.6粪便菌群　9.3疾病中结肠菌群的变化　9.3.1炎性肠病时黏液屏障的破坏　9.3.2组成黏液屏障的潜在要素　9.3.3兼性病原体的作用　9.3.4减弱黏液屏障黏度的物质　9.4重建黏液屏障可能的方法　9.5健康人、炎性肠病和其他胃肠疾病患者粪便菌群的生物结构　9.6位点依赖性结肠微生物结构变化　9.6.1黏液层　9.6.2结肠生物发酵罐的工作（肠道）区域　9.6.3结肠生物发酵罐的生发区　9.7结语　参考文献第10章　从果蝇到人：了解共生微生物如何影响宿主免疫与健康　10.1引言　10.2在人类和动物模型中的微生物多样性　10.3比较免疫：动物体内免疫系统的进化　10.4维持肠道稳态　10.5共生菌对宿主健康的作用　10.5.1炎性肠病　10.5.2多发性硬化症　10.5.3糖尿病　10.6寻找合适的细菌组合：将我们对共生菌宿主关系的了解用于治疗　参考文献第11章　从动物模型研究中深入了解人体微生物组　11.1引言　11.2动物模型系统　11.2.1乌贼　11.2.2线虫　11.2.3水螅　11.2.4水蛭　11.2.5舞毒蛾　11.2.6果蝇　11.2.7白蚁　11.2.8小鼠　11.2.9斑马鱼　11.3宿主相关微生物群落的建立　11.3.1定植可视化和共生细菌缺陷突变菌的鉴定　11.3.2确定菌群组成的宿主遗传决定因素　11.4在宿主生物学中寄居微生物群落的功能　11.4.1微生物对上皮组织的影响　11.4.2微生物对免疫系统的影响　11.5结语　参考文献第12章　与时俱进：基因组时代的分离培养技术　12.1引言　12.2分离、生长和培养技术　12.2.1分离　12.2.2生长　12.2.3培养　12.3在变化着的世界里变化　参考文献第13章　人体菌群培养的新方法　13.1引言　13.2菌群培养方法学　13.3应用于人体菌群　13.4展望未来　参考文献第14章　掌控人体内部菌群：益生元，益生菌和合生元　14.1引言　14.2益生菌　14.2.1益生菌对健康的益处　14.2.2老年人　14.2.3益生菌的其他用处　14.3益生元　14.3.1益生元与健康　14.4合生元　14.4.1炎性肠病　14.4.2合生元的其他用途　14.5结语　参考文献　索引

微生物组和宏基因组是近年来微生物学研究领域的新方向，本书是引导读者了解人体微生物组及与健康关系的系统专著。随着生命科学研究的不断发展，人类迈入了后基因组时代。宏基因组学技术作为研究环境微生物多样性、筛选新的功能基因和生物活性物质的重要手段之一，也蓬勃发展起来，它必将会对人体微生物抗药性研究、人体与不可培养病原菌的相互关系的探索等方面做出重大贡献。　　本书旨在对人体发现的微生物多样性进行概览，并介绍以往在微生物群落与人体健康关系方面所做的研究工作。共十四章，第一章介绍了人体微生物组计划（HMP）；第二章和第三章介绍人体微生物组的研究工具；第四章从数学角度解释了微生物群落结构与多样性。第五至第九章介绍了身体各部位（呼吸道、口腔、生殖道和肠道）的微生物群落。第十章和第十一章综述了利用动物模型对微生物组和宿主免疫的研究。第十二章讲述了如何利用基因组的培养方法解决许多与人体相关的微生物在实验室中仍然培养不成功的问题，并在第十三章中介绍了许多全新的培养方法。第十四章论述了益生元、益生菌和合生元如何改变体内菌群来促进健康。