ChemOffice2008实用教程

第1章 ChemOffice基础知识 1

1.1 什么是ChemOffice 1

1.2 发展历史 1

1.3 应用领域 2

1.4 组件 2

1.4.1 ChemDraw 2

1.4.2 Chem3D 3

1.4.3 ChemFinder 4

1.5 新增功能 4

1.6 如何获得帮助 5

1.7 安装与启动 5

1.7.1 系统配置要求 5

1.7.2 系统的安装、启动与退出 6

1.8 其他化学绘图软件 8

第2章 ChemDraw操作基础 10

2.1 ChemDraw的工作环境 10

2.1.1 工作界面 10

2.1.2 标题栏 11

2.1.3 菜单栏 12

2.1.4 工具栏 13

2.1.5 图形工具箱 14

2.1.6 编辑/绘图区 15

2.2 文件基本操作 15

2.3 绘图操作基础 17

2.3.1 图形基本操作 17

2.3.2 “Undo”和“Redo”命令 19

2.3.3 插入对象 19

2.4 自定义ChemDraw的工作界面 20

2.4.1 页面参数的设置 20

2.4.2 文档的设置 24

2.4.3 工具条的显示与隐藏 28

第3章 利用ChemDraw绘制图形 33

3.1 绘图工具 33

3.1.1 键工具简介 33

3.1.2 绘图工具的使用 38

3.1.3 绘图实例 39

3.2 文本的操作 40

3.2.1 文本的输入 40

3.2.2 文本的编辑 41

3.2.3 原子标记 42

3.3 绘制箭头、弧及其他图形 45

3.4 绘制结构式 48

3.4.1 绘制普通化学结构式 48

3.4.2 绘制反应中间体 50

3.4.3 绘制复杂环结构 52

3.4.4 绘制Fischer投影式 54

3.4.5 绘制透视图 55

3.4.6 绘制Newman投影式 57

3.4.7 绘制立体化学结构式 59

3.5 绘制反应式 60

3.5.1 绘制反应方程式 60

3.5.2 绘制反应历程 67

3.6 轨道和化学符号 69

3.6.1 轨道工具简介 69

3.6.2 轨道工具绘图实例 69

3.6.3 化学符号工具简介 71

3.7 绘制生物分子 73

3.7.1 生物分子模板工具简介 74

3.7.2 绘制DNA/RNA分子图像 74

3.7.3 绘制β-麦芽糖酶（β-Maltose）结构 75

3.7.4 绘制DNA双螺旋结构 76

3.8 绘制简单的反应设备 79

3.9 绘制TLC图形 81

3.10 化学查询工具 82

3.10.1 化学查询工具简介 82

3.10.2 化学查询工具的使用 83

3.11 高级绘图技巧 85

3.11.1 结构展开与调整 85

3.11.2 名称与结构之间的转化 87

3.11.3 俗名的使用 87

3.11.4 多中心结构与多连接标记 89

3.11.5 图形颜色调整 90

3.11.6 获取结构式的3D图形 91

3.12 综合实例 92

3.12.1 苯亲电取代反应进程－位能变化曲线图的绘制 92

3.12.2 立体化学反应历程的绘制 95

第4章 ChemDraw的扩展功能 99

4.1 显示分析信息 99

4.2 显示物理性质 101

4.3 显示元素周期表 102

4.4 预测NMR谱 103

4.4.1 1H-NMR谱预测 104

4.4.2 13C-NMR谱预测 105

4.5 结构式与命名互相转换 106

4.5.1 由结构式给出IUPAC标准命名 107

4.5.2 由IUPAC标准命名给出结构式 107

4.6 ChemDraw与Word及Chem3D关联 109

4.6.1 ChemDraw与Word关联 109

4.6.2 ChemDraw与Chem3D关联 110

4.7 ChenDraw的在线工具 111

4.7.1 在线查找 111

4.7.2 在线浏览 113

4.7.3 在线注册 113

第5章 Chem3D操作基础 114

5.1 Chem3D的工作环境 114

5.1.1 工作界面 114

5.1.2 标题栏 115

5.1.3 菜单栏 115

5.1.4 工具栏 125

5.1.5 3D图形显示区 126

5.1.6 消息显示窗口 126

5.1.7 动画工具栏 127

5.2 文件基本操作 127

5.3 图形基本操作 128

5.4 自定义Chem3D的工作界面 129

5.4.1 页面参数设置 129

5.4.2 文档的设置 132

5.4.3 工具条的显示与隐藏 135

第6章 Chem3D模型的建立及操作 136

6.1 3D模型的建立 136

6.1.1 从已有文件中导入 136

6.1.2 从ChemDraw中导入 137

6.1.3 使用键工具绘制 139

6.1.4 使用文本工具绘制 143

6.1.5 使用绘图模板绘制 145

6.2 对模型的操作 149

6.2.1 平移及旋转 150

6.2.2 轴的显示及隐藏 153

6.2.3 模型的放大及缩小 153

6.2.4 显示原子符号、编号及背景颜色 153

6.2.5 模型显示模式 155

6.3 利用Chem3D进行分析 155

6.3.1 相关数据的显示 156

6.3.2 结构调整 159

6.4 2D图形与3D图形的转换 159

6.4.1 2D图形与3D图形之间的立体关系 159

6.4.2 2D图形转化为3D图形 160

6.4.3 3D图形转化为2D图形 161

第7章 化学计算 163

7.1 MM2计算 164

7.1.1 能量最低计算 164

7.1.2 分子动力学计算 165

7.2 GAMESS计算 168

7.2.1 Minimize Energy计算 169

7.2.2 Optimize to Transition State计算 170

7.2.3 Compute Properties计算 171

7.2.4 Run Frequency计算 173

7.2.5 预测IR/Raman光谱 176

7.2.6 预测NMR 谱 178

7.3 Gaussian计算 179

7.4 Jaguar计算 179

7.5 MMFF94计算 180

7.5.1 原子类型和电荷 180

7.5.2 最小能量计算 180

7.5.3 势能计算 182

7.6 MOPAC计算 182

7.6.1 Minimize (Energy/Geometry)计算 183

7.6.2 Optimize to Transition State计算 184

7.6.3 Compute Properties计算 187

7.6.4 预测光谱 190

第8章 Chem3D综合实例 192

8.1 实例一：预测红外光谱 192

8.2 实例二：预测核磁共振谱 197

8.3 实例三：计算过渡态能量 200

第9章 ChemFinder操作基础 203

9.1 ChemFinder的工作环境 204

9.1.1 对窗体和数据库的理解 204

9.1.2 使用ChemFinder数据库 205

9.1.3 工作界面 205

9.1.4 工具栏 207

9.1.5 状态栏 208

9.2 窗体 209

9.2.1 创建及保存窗体 209

9.2.2 编辑窗体 211

9.2.3 窗体安全性 216

9.3 数据库 219

9.3.1 创建数据库 219

9.3.2 打开数据库 227

9.3.3 数据库检索 230

9.4 创建个性化的数据库 250

9.4.1 在窗体中关联已有数据库 250

9.4.2 增加记录 253

9.4.3 BioViz组件 258

9.4.4 设置子窗体 271

9.4.5 化合物剖面图 275

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　　《ChemOffice 2008实用教程：化学结构绘图、分子模拟、数据整合》主要内容
　　ChemOffice基础知识 软件功能及其安装、启动方法
　　ChemDraw操作基础 Chem Draw的工作界面、文件及绘图的基本操作
　　利用ChemDraw绘制图形 利用键工具及各模板工具绘制结构式、反应式等
　　ChemDraw的扩展功能 预测分子的物理化学性质、IR光谱、NMR谱图及进行结构式与名称间的转换等
　　Chem3D操作基础 Chem3D的工作环境、文件和图形的基本操作
　　Chem3D模型的建立及操作 绘制分子的3D模型，实现2D模型与3D模型之间的转换
　　化学计算 利用MOPAC、Gat．Jssiafl、GAMESS等运行半经验计算以及预测分子轨道的形状等
　　Chem3D综合实例 通过三个实例介绍利用Chem3D预测IR光谱、NMR谱图及过渡态能量的计算方法
　　ChemFinder操作基础 检索现有的化学信息、建立个性化的化学检索数据库等