元军占领临安后，但江南、闽广等地还未被元军控制。元军诱降文天祥投降，文天祥宁死不屈，元军只好将他押解北方。行至镇江，文天祥冒险逃走，经过许多艰难险阻，于1276年到达福州，被宋端宗任命为右丞相。1278年冬，文天祥在广东兵败被俘。
1279年2月，南宋与元军在广东新会崖山海域展开了一场历时20多天的大海战，双方投入兵力50余万，动用战船2千余艘，最终宋军全军覆没，南宋大臣陆秀夫背着年仅9岁的皇帝投海而死。10万南宋军民追随皇帝跳海自尽。战船沉没，海上浮尸10万，南宋灭亡。 这就是南宋最后一战——崖山会战。中国第一次整体亡于游牧民族——蒙古人之手。
