后，郭永怀在力学所担任副所长，李佩在中科院做外事工作。直至我国第一颗原子弹成功爆炸的第二天，郭永怀和好友一起开心地喝酒，李佩才意识到什么。但1968年12月4日，郭永怀乘坐的飞机在西郊机场降落时失事。

　　据力学所的同事回忆，得知噩耗的李佩极其镇静，几乎没说一句话。那个晚上李佩完全醒着。她躺在床上几乎没有任何动作，偶尔发出轻轻的叹息，克制到令人心痛。郭永怀走后没两年，十几岁的女儿去内蒙古当知青下乡，李佩到合肥中科大继续接受审查和劳动改造。政治的湍流一次次把她们卷进漩涡。

　　更大的生活湍流发生在上个世纪90年代，唯一的女儿郭芹也病逝了。没人看到当时近八旬的李佩先生流过眼泪。老人默默收藏着女儿小时候玩的能眨眼睛的布娃娃。几天后，她像平常一样，又拎着收录机给中国科学院研究生院的博士生上英语课去了，只是声音沙哑。

　　"生活就是一种永恒的沉重的努力。"李佩的老朋友、中国科学院大学的同事颜基义先生，用米兰·昆德拉的这句名言形容李佩先生。

　　1999年9月18日，李佩坐在人民大会堂，国家授予23位科学家"两弹一星"功勋奖章。郭永怀先生是23位"两弹一星"元勋中唯一的烈士。该奖章直径8厘米，用99.8%纯金铸造，重515克。4年后，李佩托一个到合肥的朋友，把这枚奖章随手装在朋友的行李箱里，捐给了中国科学技术大学。时任校长朱清时打开箱子时，十分感动。几年前，一个普通的夏日下午，李佩让小她30多岁的忘年交李伟格陪着，一起去银行，把60万元捐给力学所和中国科学技术大学各30万。没有任何仪式，就像处理一张水费电费单一样平常。

　　至今，李佩先生客厅里的茶几还是60年前回国时家里的陪嫁。早年从美国带回的手摇计算机、电风扇、小冰箱，捐了。郭永怀走后，写字台、书、音乐唱片，捐了。李佩先生一生教学的英语教案，捐了。汶川大地震，挽救昆曲，为智障幼儿园，她都捐钱。

　　当文革结束，她重新恢复工作时，已经快60岁了。她筹建了中国科学院研究生院（后更名为"中国科学院大学"）的英语系，培养了新中国最早的一批硕士博士研究生。当时国内没有研究生英语教材，她就自己编写，每次上课，带着一大卷油印教材发给学生。这些教材被沿用至今。

　　这个经历过风浪的女人，在那个年代做了很多擦边的事，有的甚至是"提着脑袋"在干。

　　1979年中美正式建交，李佩就向学生介绍美国大学招收研究生的办法，鼓励大家申请自费留学。她还和李政道一起推动了中美联合培养物理研究生项目，帮助国内第一批自费留学生走出国门。到1988年该项目结束时，美国76所优秀大学接收了中国915名中美联合培养物理研究生。

　　李佩的晚年差不多从80岁才开始。81岁那年，她创办中关村大讲坛，从1998年到2011年，每周一次，总共办了600多场，每场200多人的大会厅坐得满满当当。

早些年，有人问她什么是美。她说："美是很抽象的概念，数学也很美。"