科学长需要一定资历方能通过，蔡元培甚至为陈杜撰了履历，使他顺利地到北大任教。梁漱溟投考北大未被录取，他在《东方杂志》上发表了一篇讲佛教哲学的文章《究元决疑论》，蔡元培看了认为是"一家之言"，就破格请他来北大任教，讲印度哲学。这一年，梁漱溟年仅24岁。

　　蔡元培执掌北大之后，强调自己的治校方针是："依世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义。"在蔡先生这种办学方针的指引下，那时北大不但聘请"左派"和激进派人士李大钊、陈独秀当教授，请西服革履的章士钊、胡适当教授，还聘身穿马褂、拖着一条长辫的复辟派人物辜鸿铭来教英国文学，喜谈怪论的国学家黄侃，甚至连赞助袁世凯称帝和筹安会发起人之一的刘师培，也登上了北大教坛。特别是"性博士"张竞生，被封建卫道士辱骂为"四大文妖"之一，在半封闭半蒙昧的中国，张竞生的言论绝对算得上耸人听闻，惊世骇俗，也被蔡元培延揽来北大讲"美的人生观"。

　　蔡元培当北大校长期间做得最骇人听闻的事是开放女禁。那时有一个勇敢的女生王兰向蔡先生请求入学，蔡元培就让她到北大当了旁听生。这件事当时轰动了全北大、全北京。此后招生时，就允许女生和男生一样地应考了。这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。

　　学术上的争论则更多。蔡元培均能很好地处理各方的关系，连最顽固的、拖着一条长辫的教授辜鸿铭也对蔡校长深为钦佩。1917年，蔡元培出版了《石头记索隐》一书，提出《红楼梦》是一部"政治小说"的概念。由于恰逢五四时期，人们"反对满清"的情怀甚重，因此这本书在当时得到了广泛传播。1921年，胡适发表《红楼梦考证》，矛头直指蔡元培。他毫不客气地指出蔡的索隐是牵强附会的"大笨伯猜笨谜"的方法。胡适为了推翻蔡元培的观点，曾到处寻找录有曹雪芹身世的《四松堂集》这本书。就在他求而不得、心灰意冷、近乎绝望的时候，蔡元培却托朋友为他借到了此书。胡适根据书中的史料记载，更加充分地证明了自己关于《红楼梦》是"曹雪芹自述"的说法。在蔡元培的影响与治理下，北大容纳了各派的学说和思想，空气新鲜得很。特别是教师们对于学术争论的态度，都颇具大师风范。如有一次钱玄同在讲课，对面教室里黄侃也在讲课。黄侃大骂钱玄同的观点如何如何荒谬，不合古训；而钱玄同则毫不在乎这些，你讲你的，我讲我的。

　　蔡元培的两袖清风，也是有口皆碑的。1935年9月7日，蒋梦麟等联名给蔡元培祝寿，提出要为一生清廉直至晚年仍全家租赁房屋连藏书的地方都没有的老校长造一所"可以住家藏书的屋"。后来这个计划虽然由于抗战全面爆发而未能付诸实现，但反映了北大师生对蔡元培的深深敬爱之情。