B．Ⅲ-1基因型为XA1Y的概率是1/4

　　C．Ⅲ-2基因型为XA1XA2的概率是1/8

　　D．Ⅳ-1基因型为XA1XA1的概率是1/8

　　解析：选D。A项，Ⅱ-2是女性，她的XA1一定来自Ⅰ-1，Ⅰ-2产生的卵细胞的基因型及其比例为XA2∶XA3＝1∶1，故Ⅱ-2基因型为XA1XA2或XA1XA3，各占1/2。B项，Ⅲ-1是男性，他的Y染色体来自Ⅱ-1，由对选项A的分析可知他的母亲Ⅱ-2的基因型及其概率为1/2XA1XA2、1/2XA1XA3，Ⅱ-2产生的卵细胞的基因型及其比例为XA1∶XA2∶XA3＝2∶1∶1，故Ⅲ-1基因型为XA1Y的概率是2/4×1＝1/2。C项，Ⅲ-2是女性，她的XA2一定来自Ⅱ-4，Ⅱ-3的基因型及其产生的卵细胞的基因型和比例与Ⅱ-2相同，即Ⅱ-3的卵细胞的基因型及其比例为XA1∶XA2∶XA3＝2∶1∶1，故Ⅲ-2基因型为XA1XA2的概率是2/4×1＝1/2。D项，若Ⅳ-1的基因型为XA1XA1，则亲本Ⅲ-1的基因型应为XA1Y，亲本Ⅲ-2的基因型应为XA1X－，Ⅲ-2一定含有A2基因，因此Ⅲ-2基因型为XA1XA2的概率为1/2，Ⅲ-1为XA1Y的概率是1/2，则Ⅳ-1基因型为XA1XA1的概率是1/2×1/2×1/2＝1/8。

　　6．已知果蝇长翅和小翅、红眼和棕眼各为一对相对性状，分别受一对等位基因控制，且两对等位基因位于不同的染色体上。为了确定这两对相对性状的显隐性关系，以及控制它们的等位基因是位于常染色体上，还是位于X染色体上(表现为伴性遗传)，某同学让一只雌性长翅红眼果蝇与一只雄性长翅棕眼果蝇杂交，发现子一代中表现型及其分离比为长翅红眼∶长翅棕眼∶小翅红眼∶小翅棕眼＝3∶3∶1∶1。

　　回答下列问题：

　　(1)在确定性状显隐性关系及相应基因位于何种染色体上时，该同学先分别分析翅长和眼色这两对性状的杂交结果，再综合得出结论。这种做法所依据的遗传学规律是________________________________________________________________________。

　　(2)通过上述分析，可对两对相对性状的显隐性关系及其等位基因是位于常染色体上，还是位于X染色体上做出多种合理的假设，其中的两种假设分别是：翅长基因位于常染色体上，眼色基因位于X染色体上，棕眼对红眼为显性；翅长基因和眼色基因都位于常染色体上，棕眼对红眼为显性。那么，除了这两种假设外，这样的假设还有________种。

　　(3)如果"翅长基因位于常染色体上，眼色基因位于X染色体上，棕眼对红眼为显性"的假设成立，则理论上，子一代长翅红眼果蝇中雌性个体所占比例为________ ，子一代小翅红眼果蝇中雄性个体所占比例为________。

　　解析：(1)果蝇翅长和眼色的遗传分别遵循基因的分离规律，由于这两对基因分别位于两对同源染色体上，故又遵循基因的自由组合规律。(2)由题干给出的性状分离比，得出长翅∶小翅＝3∶1，棕眼∶红眼＝1∶1，可知控制翅长的基因和控制眼色的基因皆有可能一对位于常染色体上，另一对位于X染色体上，可通过先假设其位置，再在此基础上加上显隐性，筛选出符合要求的可能的假设。分析需要假设的内容，可分为三项，列表如下：

翅长基因位置 眼色基因位置 眼色的显隐性 假设 ①常染色体 ③常染色体 ⑤红眼为显性 ②性染色体 ④性染色体 ⑥棕眼为显性 　　由表可知，假设的组合有：①③⑤、①③⑥、①④⑤、①④⑥、②③⑤、②③⑥、②④⑤、②④⑥共8种。因题干中已给出两对等位基因位于不同的染色体上，故不可能存在②④⑤和②④⑥这两种组合的假设。因此，除题目中提示的组合①④⑥和①③⑥外，还存在4种假设。(3)已知题目中的假设成立，设控制翅长的一对等位基因用A、a表示，控制眼色的一对等位基因用B、b表示，则亲本组合为雄蝇AaXBY×雌蝇AaXbXb，子一代中的雌蝇全部为棕眼，红眼雌蝇所占比例为0；子一代中的雄蝇全部为红眼，在小翅红眼果蝇中，雄性个体所占比例为1(100%)。

答案：(1)基因的分离规律和自由组合规律(或自由组合规律)　(2)4　(3)0　1(或100%)