通畅。黄河泛溢成灾,老百姓有的以草地为家,以喝水充饥,而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员,埋没杰出的人才,真是不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示,上面说道:'朕的学业还没有完成,志向还没有确定,先生就离开了我,将使前功尽弃了。'陛下还这样说,真是国家无尽的福份啊。虽然如此,辅助完成皇上的学业,协助树立皇帝的志向的人,不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事,还可以挽留。倘若不幸死去,陛下的学业莫非就此不得完成,志向莫非终究不能确定么?臣看到张居正的上疏说:'世上先有非同寻常的人,然后才能做非同寻常的事。'这是把奔丧看作平常事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人,父母活着时不去照顾,父母死了不去奔丧,还自我吹嘘为非同寻常的人,世道人心不认为他丧失天良,就认为他是猪狗禽兽,这能叫作非同寻常的人吗?"
奏疏写好,放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后,把奏疏拿出来交给中官,哄骗他说:"这是请假的奏疏。"等奏疏呈上后,张居正十分恼怒,也将邹元标打了八十棍子,贬职流放都匀卫,都匀卫位于万山丛中,与少数民族杂居,邹元标处之泰然。更加专心研究理学,学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使,将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿一个夜晚,御史突然死了。
邹元标流放了六年,张居正死,征召授官吏科给事中,首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。